Το ΕΜΣΤ συλλέγει, διαφυλάσσει, συντηρεί, τεκμηριώνει, ερευνά και εκθέτει έργα της σύγχρονης ελληνικής και διεθνούς καλλιτεχνικής παραγωγής. Συνεχής επιδίωξή του είναι η προαγωγή της καλλιτεχνικής παιδείας και ευαισθητοποίησης του κοινού όσον αφορά τον σύγχρονο πολιτισμό, σε συνδυασμό με την ανάπτυξη της επιστημονικής έρευνας και της εξειδίκευσης σε θέματα μουσειολογίας, ιστορίας και θεωρίας της σύγχρονης τέχνης. Αναπόσπαστο κομμάτι των ιδρυτικών σκοπών του αποτελεί η ανάδειξη πρωτοποριακών και πειραματικών καλλιτεχνικών τάσεων και η παραγωγή οπτικοακουστικών έργων με νέα μέσα.