Ο Κύριλλος Λούκαρις γεννήθηκε στο Χάνδακα, σημερινό Ηράκλειο Κρήτης το 1572. Ο πατέρας του μάλλον ήταν ιερέας. Στην αρχή μαθήτευσε κοντά στο Μελέτιο Βλαστό και ύστερα, χάρις στη μέριμνα του θείου και μέντορά του Μελέτιου Πηγά, πήγε στη Βενετία όπου σπούδασε κοντά στο Μάξιμο Μαργούνιο ο οποίος του έμαθε ελληνικά, λατινικά, ιταλική γλώσσα και θεολογία. Στη συνέχεια σπούδασε στην Πάδοβα κοντά στον Παύλο Σάρπα και τον Τσεζάρε Κρεμονίνι,[ ενώ αργότερα επισκέφτηκε τη Γενεύη, την Ολλανδία, και τη Γερμανία. Επιστρέφοντας στον ελλαδικό χώρο μετέβη στον θείο του Μελέτιο Πηγά, στην Αλεξάνδρεια, όπου το 1593 έγινε μοναχός και πήρε το όνομα Κύριλλος. Ο Πηγάς τον έκανε πρωτοσύγκελο του Πατριαρχείου και τον έστειλε έξαρχο στην Πολωνία με σκοπό να αποτρέψει την ένωση των ορθόδοξων Ουκρανών και Λευκορώσων με τη Ρώμη. Όμως, αν και ανάπτυξε σημαντική δράση γι' αυτό το σκοπό, τελικά απέτυχε