Ο Π.Ι.Σ. έχει σκοπό τη διαχείριση ζητημάτων υγείας στην επικράτεια. Ιδίως δε έχει ως σκοπούς:

α) Το να επικουρεί τον Υπουργό Υγείας στη διαχείριση των ζητημάτων υγείας, στην εξασφάλιση καλής ιατρικής περίθαλψης του πληθυσμού και διαφύλαξη και προαγωγή της δημόσιας υγείας με διαρκή ανταλλαγή γνώσης και εμπειρίας μεταξύ των Ιατρικών Συλλόγων και τον αντίστοιχο συντονισμό των σκοπών και δραστηριοτήτων τους.

β) Την προστασία των εννόμων συμφερόντων όλων των ιατρών που είναι εγγεγραμμένοι στους Ιατρικούς Συλλόγους, μέλη του Πανελληνίου Ιατρικού Συλλόγου, και παροχή συμβουλών, ενημέρωσης και συνεχιζόμενης ιατρικής εκπαίδευσης σε σημαντικούς τομείς που αφορούν τον ιατρό, τους χώρους υγειονομικής περίθαλψης αλλά και τον κοινωνικό βίο.

γ) Τη συνεργασία με τις πανεπιστημιακές αρχές και τα θεσμικά όργανα του κράτους για τον αριθμό εισακτέων στις ιατρικές σχολές, των μεταγραφών, την αναγνώριση πανεπιστημιακών τίτλων και σπουδών στην αλλοδαπή, καθώς και τη διαμόρφωση προγραμμάτων σπουδών.

δ) Τη συνεργασία για τη θέσπιση μιας κατά το δυνατόν ενιαίας νομοθετικής ρύθμισης με προτάσεις προς την πολιτική ηγεσία σχετικά με τα δικαιώματα και τις υποχρεώσεις των ιατρών και τις βασικές αρχές που πρέπει να διέπουν την άσκηση του ιατρικού επαγγέλματος σε όλους τους τομείς.

ε) Τη διασφάλιση των επαγγελματικών εννόμων συμφερόντων των ιατρών σε όλους τους τομείς, την προάσπιση και διασφάλιση της αξιοπρεπούς επαγγελματικής και επιστημονικής άσκησης του ιατρικού λειτουργήματος-επαγγέλματος σε κάθε ιδιωτική ή δημόσια σχέση εργασίας, τη συλλογική εκπροσώπηση ιατρών για σύναψη συμβάσεων με οργανισμούς ή άλλους φορείς για παροχή ιατρικών υπηρεσιών και τη σύναψη των συμβάσεων αυτών.

στ) Την εκπροσώπηση και υποστήριξη των θέσεων της ιατρικής κοινότητας σε ζητήματα ιατρικά και πολιτικής υγείας.

ζ) Την εξασφάλιση των προϋποθέσεων για τη διά βίου συνεχιζόμενη ιατρική εκπαίδευση, καθώς και τη συνεχιζόμενη επαγγελματική κατάρτιση.

η) Τη διασφάλιση της ποιότητας των παρεχόμενων ιατρικών υπηρεσιών.

θ) Την ανάπτυξη σχέσεων με δημόσιους και ιδιωτικούς φορείς της ιατρικής επιστήμης και με Εθνικούς Ιατρικούς Συλλόγους της αλλοδαπής.

ι) Την επεξεργασία και πρόταση κωδίκων ιατρικής δεοντολογίας και άσκησης του ιατρικού επαγγέλματος καθώς και τη μετάφραση στην ελληνική γλώσσα ευρωπαϊκών και διεθνών κωδίκων και διακηρύξεων ιατρικής ηθικής και δεοντολογίας του Παγκόσμιου Ιατρικού Συλλόγου και της Μόνιμης Επιτροπής Ευρωπαίων Ιατρών.

ια) Τη ρύθμιση ζητημάτων συνεχιζόμενης ιατρικής εκπαίδευσης καθώς και της αξιολόγησης με κριτήρια που προτείνονται από τον Π.Ι.Σ., που αφορούν το περιεχόμενο, τη διάρκεια και τους σκοπούς της μετεκπαίδευσης και των ιατρικών ειδικοτήτων.