Ο Φερδινάνδος ήταν γιος του Ιωάννη Β' της Αραγονίας από τη δεύτερη σύζυγό του, την Αραγονέζα ευγενή Χουάνα Ενρίκεθ. Παντρεύτηκε την Ινφάντα Ισαβέλλα, αδελφή από άλλη μητέρα του Ερρίκου Δ΄ της Καστίλης, στις 19 Οκτωβρίου 1469 στην Οκάνα. Έγινε Φερδινάνδος Ε΄ της Καστίλης όταν η Ισαβέλλα διαδέχθηκε τον αδελφό της ως βασίλισσα της Καστίλης το 1474. Οι δύο νεαροί μονάρχες έπρεπε να ξεκινήσουν με έναν εμφύλιο πόλεμο εναντίον της Χουάνα, πριγκίπισσας της Καστίλης (επίσης γνωστή ως Χουάνα λα Μπελτρανέγια), η οποία ισχυριζόταν ότι ήταν κόρη του Ερρίκου Δ΄. Κέρδισαν. Ο Φερδινάνδος διαδέχθηκε τον πατέρα του ως βασιλιάς της Αραγωνίας το 1479. Αυτό σήμαινε ότι το Στέμμα της Καστίλης και τα διάφορα εδάφη του Στέμματος της Αραγωνίας ενώθηκαν σε μια προσωπική ένωση. Για πρώτη φορά από τον 8ο αιώνα δημιουργήθηκε μια ενιαία πολιτική μονάδα που θα μπορούσε να ονομαστεί Ισπανία, αν και τα διάφορα εδάφη δεν διοικούνταν σωστά ως ενιαία μονάδα μέχρι τον 18ο αιώνα.